Artículo 56: El FONAFIFO contará con una Unidad Ejecutora, dirigida por un Director Ejecutivo cuyo nombramiento y remoción será potestad exclusiva de la Junta Directiva. Así mismo contará con el personal, equipo y los recursos necesarios para apoyar a la Junta Directiva en el cumplimiento de su cometido. Dentro de las principales funciones de la Unidad Ejecutora están:

a) Elaborar los presupuestos, reglamentos, programa crediticio y de actividades de fomento y demás regulaciones necesarias para ser aprobadas por la Junta Directiva.

b) Coordinar la labor de los Bancos Administradores, supervisar el cumplimiento de sus deberes.

c) Establecer la vigilancia y control de los recursos asignados al fondo.

d) Tramitar las solicitudes de crédito, de incentivos, realizar los estudios técnicos y jurídicos correspondientes.

e) Elaborar los contratos de incentivos y crédito que corresponda.

f) Contratar los bienes y servicios necesarios y administrar el personal a cargo del Fondo.

g) Realizar las auditorías técnicas y financieras sobre proyectos financiados o incentivados.

h) Realizar y/o contratar estudios técnicos financieros para emitir bonos y otros títulos valores.