a) Dirigir y conducir los procesos de planificación, ejecución, monitoreo, control y evaluación de las funciones rectoras que desarrolla el INCIENSA, en apoyo al Ministerio de Salud.

b) Promover, asesorar y participar en programas y proyectos estratégicos de investigación, regulación, vigilancia y enseñanza en salud.

c) Ejercer la administración del INCIENSA y ejecutar los acuerdos del Consejo Técnico.

d) Nombrar y remover al personal administrativo y técnico de la institución, previo trámite que para selección y despido de servidores establece la Ley General de la Administración Pública, el Estatuto de Servicio Civil y su Reglamento, el Código de Trabajo y otras leyes conexas.

e) Proponer al Consejo Técnico los Reglamentos Internos.

f) Planificar, gestionar y aprobar el proyecto del presupuesto general del INCIENSA y sus modificaciones y someterlo a la aprobación del Consejo Técnico.

g) Convocar ordinariamente al Comité de Gestión del INCIENSA, con una periodicidad mínima de una vez al mes y extraordinariamente cuando lo estime conveniente.

h) Preparar planes y programas de trabajo con la participación del Comité de Gestión, representado por los coordinadores de la Unidad Técnica Asesora, del Área de Programas y Proyectos y del Area Administrativa, quienes a su vez contarán con la colaboración de sus subalternos.

i) Ratificar el nombramiento de los miembros del Comité Científico del Comité Editorial y otros comités de interés institucional.

j) Participar cuando lo estime conveniente, en el Comité Científico, el Comité Editorial y otros comités de interés institucional.

k) Aplicar la normativa legal, técnica y operativa del Instituto.

l) Conocer y resolver todos aquellos asuntos que, por su naturaleza, le corresponden, para garantizar la adecuada marcha del INCIENSA.