Los puertos aduaneros habilitados para el ingreso y salida de mercancías, personas, vehículos y unidades de transporte son los siguientes:

1. Puertos aéreos: Aeropuerto Internacional Juan Santamaría Aeropuerto Tobías Bolaños. Aeropuerto Pablo Sinar y Aeropuerto Internacional Daniel Oduber;

2. Puertos marítimos: Puerto Caldera, Puerto Golfito, Muelle en Playa del Coco, Quepos, Puerto Limón - muelles Moín, Alemán, Setenta y Nacional -, Puntarenas y Punta Morales.Los muelles y puertos privados deberán obtener la habilitación correspondiente mediante resolución de la Dirección General para realizar sus operaciones de llegada o salida de vehículos, carga o descarga de mercancías ingresadas por turistas sin fines comerciales.

3. Puertos terrestres: Zona fronteriza entre Costa Rica y Nicaragua, ubicada en Peñas Blancas, utilizando para el ingreso y salida la carretera Interamericana - Aduana de Peñas Blancas-; Zona fronteriza en el Cantón de Los Chiles, ruta N° 35 - Puesto aduanero de Los Chiles -, Zona Fronteriza entre Costa Rica y Nicaragua ubicada en el cantón de Los Chiles en la localidad de Las Tablillas, utilizando la ruta N° 35 -Puesto Aduanero Las Tablillas.

(Así reformado el inciso c) anterior por el artículo 1° del decreto ejecutivo N° 38266 del 11 de marzo del 2014)