Artículo 44.—Conflicto y expediente para la Contraloría General de la República. Firme la resolución del jerarca que ordene soluciones distintas de las recomendadas por la Auditoría Interna, esta tendrá un plazo de quince días hábiles, contados a partir de su comunicación, para exponerle por escrito los motivos de su inconformidad con lo resuelto y para indicarle que el asunto en conflicto debe remitirse a la Contraloría General de la República, dentro de los ocho días hábiles siguientes, salvo que el jerarca se allane a las razones de inconformidad indicadas.  La Contraloría General de la República dirimirá el conflicto en última instancia, a solicitud del jerarca. El hecho de no ejecutar injustificadamente lo resuelto en firme por el Órgano Contralor, dará lugar a la aplicación de las sanciones previstas en el capítulo V de la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, Nº 7428, de 7 de setiembre de 1994.

Una vez que la Auditoría Interna comunique por escrito al jerarca su decisión de someter el conflicto a la Contraloría General de la República, este deberá valorar y tomar las medidas que correspondan, en cuanto a la conveniencia de que el titular subordinado responsable continúe con las acciones relacionadas con la materia de dicho conflicto para implantar las soluciones alternas ordenadas; o si, por el contrario, es necesario emitir una orden para cesar cualesquiera de estas acciones, hasta tanto el conflicto no se dirima por parte del Órgano Contralor. Aspecto que debe advertir al jerarca en el oficio mediante el cual le comunica que eleva el asunto a la Contraloría y viceversa, en caso de que sea el jerarca el que plantea el asunto. La Auditoría Interna, el jerarca o ambas partes deben presentar el expediente que documente el conflicto, debidamente foliado, ordenado en forma cronológica, que contenga un índice para facilitar la referencia y todos los documentos pertinentes que le permitan a la Contraloría General de la República valorar los hechos desde los distintos puntos de vista para dictar su resolución.

Como parte de la documentación del expediente, se debe aportar el acuerdo del jerarca dictado de conformidad con el artículo 37 de la Ley, el cual debe contener las órdenes sobre las soluciones alternas que motivadamente debe disponer; y la evidencia pertinente de que dicho acuerdo fue comunicado a la Auditoría Interna y al titular subordinado correspondiente, y que para la remisión del conflicto a la Contraloría General de la República se observó lo establecido en el primer párrafo del artículo 38 de dicha Ley.